Vattenanalys kan delas upp i två delar: analys av avloppsvatten och biologisk analys.
Avloppsvatten måste renas innan det släpps ut i sjöar och vattendrag. För att vara säker på att halterna av vissa ämnen inte är för höga måste det renade vattnet analyseras. Det gäller exempelvis halter av kväve, fosfor och metaller. Analys av avloppsvatten måste ske i ett ackrediterat laboratorium.
Biologisk analys gör man för att ta reda på tillståndet i olika miljöer och förändringar som sker över tid. Det kan gälla exempelvis försurning, övergödning och miljögifter som påverkar växt- och djurtillstånd i sjöar och vattendrag. Undersökningarna av vatten är bland annat en del av det svenska miljöövervakningsprogrammet. En del av de biologiska analyserna utförs av ackrediterade laboratorier.
För båda typerna av vattenanalys sker ackreditering mot den internationella standarden för kompetenskrav för provnings- och kalibreringslaboratorier, SS-EN ISO/IEC 17025.
I vissa fall ska även provtagning ingå i ackrediteringen. Provtagning är ett sätt att öka kunskapen om föroreningar i ett visst område. Vilken metod man använder beror på vilka uppgifter man vill få fram. Inför en provtagning bör man klargöra syftet med undersökningen så man tar fram rätt information. I de flesta fall ska provtagningen utföras enligt nationella och internationella standarder.
För biologisk analys ska man göra provtagningar, exempelvis på bottenfauna och plankton.
Naturvårdsverket tar fram regler för analys av avloppsvatten och biologisk analys. För dricksvatten från egen källa eller brunn finns allmänna råd och rekommendationer från Socialstyrelsen.