Swedacs organisation består av generaldirektör Ulf Hammarström som är myndighetschef och ytterst ansvarig för hela myndigheten. Under honom finns det fem avdelningar.
Som stöd har generaldirektören ett insynsråd. Rådet fyller i princip samma funktion som en styrelse, men med begränsat ansvar och utan beslutsbefogenheter. Insynsrådet uppfyller kravet på demokratisk insyn och medborgerligt inflytande.
Under generaldirektören finns Kommunikation och stab.
Myndighetens fem avdelningar är: Ackreditering, HR, Juridik och handelsfrågor, Myndighetsutveckling och service samt Reglerad mätteknik.
Avdelningen för ackreditering har en ackrediteringskommitté kopplad till avdelningen. Ackrediteringskommittén utövar insyn i ackrediteringsverksamheten och fungerar som ett stöd för avdelningschefen för ackreditering.
Avdelningen för Ackreditering har enheterna Miljö och hälsa, Kvalitet och planering, Industri, Fordon och kontroll samt Tekniska- och internationella frågor.
Avdelningen för Myndighetsutveckling och service har enheterna Ekonomi samt IT och service.